Dati di sequenziamento del modello
La Chordoma Foundation ha condotto una caratterizzazione completa di 21 linee cellulari di cordoma e 12 modelli di xenotrapianto derivati da pazienti (PDX) utilizzando il sequenziamento dell'intero esoma (WES) (100X, 150bp paired-end) e il sequenziamento dell'intero trascrittoma (WTS) (80M reads, 150bp paired-end). Ogni modello è stato sottoposto a WTS su quattro repliche biologiche (cioè, tumori PDX distinti o piatti di coltura di cellule) attraverso almeno due passaggi per tenere conto della variabilità dell'espressione genica.
I dati di sequenziamento grezzi sono disponibili per il download su Cavatica.
I dati di sintesi del sequenziamento del modello sono disponibili su PedcBioPortal.
Istruzioni su come accedere ai dati di sequenziamento grezzi in Cavatica
Registrarsi per un account su Cavatica e richiedere l'accesso al "Chordoma Foundation Dataset". Una volta approvato l'accesso, individuare i file nelle sottocartelle "Model_Data_Batch_1" e "Model_Data_Batch_2". I dati RNA-Seq più recenti si trovano nella cartella "Model_Data_Batch_2", in particolare nella sottocartella "source-data".
Nella navigazione di Cavatica, la colonna "Sample ID" indica il nome del modello, mentre "Sample Type" indica una linea cellulare o un PDX. I file pertinenti sono classificati sotto "Experiment Strategy" come RNA-Seq. Ogni modello include N=4 file RNA-Seq biologici replicati, con file replicati etichettati come R1, R2, R3, R4 o occasionalmente D1. Si noti che i dati per le 21 linee cellulari e i 12 PDX si estendono su più pagine.
Di seguito sono riportate alcune informazioni relative al download di dati in blocco da Cavatica.
Se avete bisogno di assistenza per l'accesso ai dati o per la navigazione, contattateci.
Elenco dei set di dati sul cordoma disponibili pubblicamente
Esplora un elenco completo di set di dati sul cordoma disponibili pubblicamente, con risorse pubblicate e non pubblicate accessibili a ricercatori e medici. Questo foglio di calcolo in tempo reale cattura una serie di tipi di dati, tra cui RNA-seq, metilazione, WES e WGS, fornendo dati preziosi per supportare la ricerca sul cordoma e migliorare le conoscenze.
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