Elenco dei set di dati sui cordomi disponibili al pubblico
Esplora un elenco completo di set di dati sul cordoma disponibili al pubblico, che comprende risorse sia pubblicate che inedite, accessibili a ricercatori e medici. Questo foglio di calcolo aggiornato in tempo reale raccoglie una vasta gamma di tipi di dati, tra cui RNA-seq, metilazione, WES e WGS, fornendo informazioni preziose a sostegno della ricerca sul cordoma e per approfondire le conoscenze in materia.
Dati di sequenziamento del modello
La Chordoma Foundation ha condotto una caratterizzazione completa di 21 linee cellulari di cordoma e 12 modelli di xenotrapianto derivati da pazienti (PDX) utilizzando il sequenziamento dell'esoma completo (WES) (100X, paired-end da 150 bp) e il sequenziamento dell’intero trascrittoma (WTS) (80 milioni di letture, paired-end da 150 bp). Ciascun modello è stato sottoposto a WTS su quattro repliche biologiche (ovvero tumori PDX distinti o piastre di coltura cellulare) in almeno due passaggi, per tenere conto della variabilità nell’espressione genica.
I dati grezzi di sequenziamento sono disponibili per il download su Cavatica.
I dati di sintesi del sequenziamento dei modelli sono disponibili su PedcBioPortal.
Istruzioni su come accedere ai dati grezzi di sequenziamento su Cavatica
Registrarsi su Cavatica e richiedere l’accesso al ‘Chordoma Foundation Dataset’. Una volta approvato l’accesso, individuare i file nelle sottocartelle ‘Model_Data_Batch_1’ e ‘Model_Data_Batch_2’. I dati RNA-Seq più recenti si trovano nella cartella «Model_Data_Batch_2», in particolare nella sottocartella «source-data».
Durante la navigazione su Cavatica, la colonna “Sample ID” indica il nome del modello, mentre “Sample Type” indica se si tratta di una linea cellulare o di un PDX. I file pertinenti sono classificati nella sezione “Experiment Strategy” come RNA-Seq. Ciascun modello include N=4 file RNA-Seq di repliche biologiche, con i file delle repliche contrassegnati come R1, R2, R3, R4 o, occasionalmente, D1. Si noti che i dati relativi alle 21 linee cellulari e ai 12 PDX si estendono su più pagine.
Di seguito sono riportate alcune informazioni relative al download di dati in blocco da Cavatica.
Se avete bisogno di assistenza per l’accesso ai dati o la navigazione, non esitate a Contattaci.
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